更年期卵巢囊肿会不会自己消失与囊肿的大小有关，如果是生理性囊肿，通常会自己消失。但对于囊肿较大者，症状方面较为明显，需结合病情加以治疗。具体分析如下：
1、会消失
女性在更年期内，导致卵巢功能降低，同时体内的激素水平发生改变，引起月经延迟、周期不规律等表现。在此期间部分卵泡可形成囊肿，如肿瘤标志物正常，且进行彩超检查时囊壁较薄，通常在1-3个月自行破裂或消失，不用进行特殊处理。
2、不会消失
如囊肿的囊壁较厚，容易产生分隔或乳头样增生现象，在进行肿瘤标志物检查时，存在标志物异常的情况，这种情况可能不能自己消失，需及时进行超声CT或磁共振检查，明确具体原因后展开针对性处理。