新生儿双侧室管膜下囊肿会不会自愈，一般可根据囊肿大小进行判断。具体分析如下：
1、会自愈
新生儿双侧室管膜下囊肿通常是早产、胚胎层发育不良或外伤，颅内压增高等原因引起。如果囊肿体积比较小，直径不超过2厘米，没有对脑组织造成压迫，有可能会自愈，通常随胎儿出生后会逐渐吸收。
2、不会自愈
如果囊肿直径超过2厘米，并且体积持续增大，压迫脑组织，通常不会自愈，可由专业医生通过穿刺抽吸排出脓液或进行外科手术切除囊肿，促进脑部发育。
由于新生儿体质比较弱，建议到正规医疗机构，由专业医生进行治疗，以免造成身体损伤。